(1)从治疗方法看，药物大多为化学合成，属于对症治疗，而酵素属于自然健康法范畴，以提高机体自愈自洁能力为目的，具有根治性的作用。

(2)从治疗速度看，药物可直接作用于病灶，作用快，而酵素是让身体先恢复体力，作用较慢。

(3)从使用量看，药物使用量有严格规定，而酵素没有严格规定，可以视疾病、保健等增减，自由度较大。

(4)从应用副作用看，药物常伴有不同的副作用，某些药物可能会产生严重的副作用，而酵素没有副作用，少数服用者会出现好转，消失时间快。

(5)从应用经过看，药物治疗症状缓解快，但停药后会出现反复发作的倾向，而酵素以增强自身免疫力来达到缓解症状的效果，复发率较低。

(6)从应用效果看，药物对慢性疾病不易彻底治愈，而酵素能够逐渐治愈，长期应用能达到治本的目的。

(7)从应用时间看，药物治疗应尽量避免长期应用，以免副作用问题，而酵素则主张尽可能地长期应用。

(8)从适应证方面看，药物具有严格的疾病适应证，而酵素则适应于任何疾病。

(9)从合并应用药物方面看，药物合并用药有一定的范围和规定，限制条件多，而酵素可以与其他药物合并应用，无明显的禁忌证。

(10)从毒性反应看，药物对机体脏器和细胞具有不同程度的伤害，而酵素则完全没有毒性。