牛黄上清丸是由牛黄、黄连、大黄、黄芩、连翘、栀子、生石膏、菊花等中药组成。牛黄是方剂中的主药，牛黄不仅具有清热降火、解毒的功效，而且具有清心、开窍、静、安神的功能，是治疗上焦火旺或心火炽盛所致神经症状如头晕、目眩、烦躁失眠、怔忡、头痛等症的主药。黄连、黄芩是清中上焦火的主药，大黄、栀子能清心火而除烦躁，并泻大肠实热以通便，连翘能清热解毒，生石膏能清肺热而除烦，菊花能清肝火而明目。以上诸药组成的牛黄上清丸具有清热降火、解毒、除烦、疏风等功效。常用于治疗因上焦火盛及心火上炎所致的头痛、目眩、口舌生疮、胸闷烦躁，口渴咽干、大便燥结等症。

黄连上清丸是由黄连、黄芩、栀子、大黄、连翘、芥穗、菊花等中药组成，方剂中黄连、黄芩、栀子和大黄虽然也起着清热降火、解毒通便的作用，但由于缺少牛黄则清热降火除烦及镇惊的功能不如牛黄上清丸强。方剂中配以菊花能清肝明目配以芥穗以理头风而止头痛。因此，黄连上清丸在临床上常用于治疗一般火盛所致的头痛、头晕、目眩、口舌生疮、咽喉肿痛、牙龈红肿、便干口燥等症。