根治疟疾病应及时选用能迅速控制疟疾症状和达到根治目的的抗疟疾药。方法是同时使用杀灭红细胞内期裂殖体的氯喹和杀灭红细胞外期裂殖子、配子体的药（伯氨喹）。

常用的抗疟疾药及其特点是：氯喹【处：目前控制疟疾症状最好的药物。其特点是对裂殖体有强大而迅速的杀灭能力，在1~2天内很快就能控制疟疾的症状。但对其他各期的疟原虫无效。本药口服吸收的快，但代谢、排泄的很慢，作用维持的时间比奎宁长。所以还可用它来抑制裂殖体的繁殖，以预防发作。它的副作用轻，使用比较安全。

奎宁【处】：特点是作用与氯喹相似，但稍弱，维持时间短，副作用多，故常用于脑疟疾和恶性疟疾。

伯氨喹【处】：特点是对红细胞外期和配子体的杀灭作用很强，可用来防止疟疾的传播和预防复发对裂殖体的效力很差，因此不能用来控制症状，通常与氯喹合用。毒性反应较多，有疲乏、头昏、恶心、呕吐、腹痛，重者可出现发绀和发热等。停药后可自行恢复。

息疟定处：特点是对红细胞前期有抑制作用，故可作病因性预防药。它还可在蚊体内抑制杀灭孢子体，故能起到阻断传播的作用。此外，对未成熟的裂殖体有抑制作用，但奏效慢。本药在治疗量时毒性低，长期大量服用偶见巨细胞性贫血及白细胞减少等。

青蒿素处：特点是对各种疟疾都有效。具有高效、速效、低毒、用法简便的特点，缺点是复发率较高，约占10%~30%，偶见胃肠道反应。