它们都属于氨基糖甙类抗生素，有大致相似的抗菌谱及对第八对颅神经及对肾脏的毒性作用，二者主要的区别在于庆大霉素对绿脓杆菌有效，可用于烧伤感染，身和局部用药效果均好。而卡那霉素对绿脓杆菌无效。反之卡那霉素对结核杆菌有效，常用于第二线抗结核。而庆大霉素对结核菌不敏感，一般不用于结核病。