俗语说：“是药三分毒”，任何药物都存在不同程度的毒、副作用，抗生素虽然能有效地杀灭各种病原微生物，但其也存在各种毒副作用，因此必须合理使用。

抗生素的副作用主要有毒性反应、过敏反应、细菌产生耐药性和二重感染四种类型。过敏反应，如青霉素使用后发生的过敏性休克、过敏性皮疹等；毒性反应，如庆大霉素、链霉素等导致的耳聋，氯霉素引起的再生障碍性贫血等均是；细菌耐药性更为常见，一种抗生素用久了，细菌对其产生了适应性，或者分泌某种酶，使抗生素的结构发生破坏，从而达不到杀菌的效果，这都是耐药性；二重感染则是指在长期使用抗生素的情况下，某些细菌被杀死了，而另一些病毒微生物（如真菌），则乘机繁殖起来，这种现象就是二重感染。因此如何合理使用抗生素既达到了治疗作用而又不发生毒副作用，这是医生和病人都必须重视的问题。