抗生素绝大多数都是针对细菌的，某些抗生素对衣原体、支原体有效，针对霉菌的抗生素，以及针对肿瘤的抗生素发展也很快，近年来也陆续出现了一些抗病毒药物，如干扰素等。

但从一般意义上讲的抗生素，主要还是指的抗微生物，特别是针对细菌的抗生素，而这些抗生素对病毒是无效的，因此临床上经常遇到的感冒、上呼吸道感染、病毒性腹泻等病毒性感染，使用抗生素不但达不到治疗作用，反而有害，导致抗生素毒、副作用的发生，而危害病人健康。因此病毒性感染一般不使用抗生素。